Die Geschichte des Christentums in Westfalen geht bis weit vor die Reformationszeit zurück. Evangelisch wurden viele Gemeinden durch die Einflüsse Luthers und Calvins. Der Unionsaufruf von 1817 führte schließlich zu einer Verwaltungsunion, in der bis heute lutherische, reformierte und unierte Gemeinden verbunden sind.
Der westfälische Raum war in den Jahrzehnten der Reformation bereits seit über 700 Jahren christianisiert. Im 9. Jahrhundert entstanden in den vier neu gegründeten westfälischen Bistümern Minden, Münster, Osnabrück und Paderborn viele Pfarrkirchen, von denen nicht wenige in der Reformation evangelisch wurden.
Obwohl die Reformatoren Martin Luther und Johannes Calvin nie in Westfalen waren, haben ihre Gedanken das kirchliche Leben in Westfalen stark beeinflusst. Seit 1524 waren in westfälischen Städten reformatorische Predigten zu hören. Nach und nach entstanden auf westfälischem Boden lutherische und reformierte, also in der Tradition Calvins stehende Gemeinden.
Die Herzöge, die in Westfalen die Grafschaften Mark und Ravensberg besaßen, erlaubten in ihren Territorien die Bildung reformatorischer Gemeinden, die sich relativ selbständig entwickeln konnten. Auch Anhänger Zwinglis und Calvins bildeten selbständige Gemeinden. Erst der Westfälische Frieden von Münster und Osnabrück 1648 führte zur reichsrechtlichen Gleichstellung der Reformierten mit den Lutheranern und Katholiken.
König Friedrich Wilhelm III. erließ 1817 den Unionsaufruf, der die Vereinigung der evangelischen Konfessionen zum Ziel hatte. Da jedoch nicht alle westfälischen Gemeinden diesem Aufruf folgten, kam es zu einer Verwaltungsunion, in der bis heute lutherische, reformierte und unierte Gemeinden verbunden sind. In der rheinisch-westfälischen Kirchenordnung von 1835 wurde erstmals die presbyterial-synodale Tradition rechtlich verankert. Sie besagt, dass die Kirche nicht durch Konsistorien von oben sondern durch Presbyterien und Synoden von unten geleitet wird.
Im 19. Jahrhundert trat die Erweckungsbewegung für die Erneuerung zu einer lebendigen Frömmigkeit ein. In Westfalen war sie vor allem im Siegerland und in Minden-Ravensberg wirksam. Durch die Erweckungsbewegung erkannten viele Christinnen und Christen soziales Engagement als wesentliches Element des christlichen Glaubens. Zahlreiche Initiativen zur Armenpflege, Krankenpflege und pädagogischen Betreuung entstanden. Zu ihnen zählen auch die großen diakonischen Werke Bethel, Johanneswerk, Pertheswerk, Volmarstein und Wittekindshof.
1922 legte die westfälische Provinzialkirche mit der Errichtung der ersten westfälischen Sozialpfarrstelle den Grundstein für ihre Industrie- und Sozialarbeit. Daran anknüpfend baute Klaus von Bismarck ab 1949 das Sozialamt der Evangelischen Kirche von Westfalen auf.
Im Dritten Reich formierte sich die Bekennende Kirche als Widerstand gegen die Kirchenpartei der »Deutschen Christen« und die nationalsozialistische Ideologie. Unter der Leitung des westfälischen Präses Karl Koch konstituierte sich 1934 in Dortmund die erste westfälische Bekenntnissynode. In Barmen trat die erste Bekenntnissynode der Deutschen Evangelischen Kirche zusammen. Ihr wichtigstes Ergebnis ist die Barmer Theologische Erklärung.
Bis 1945 war die westfälische Kirche als Kirchenprovinz Westfalen Teil der Evangelischen Kirche der Altpreußischen Union (APU). Im Rahmen der Neuordnung der APU erfolgte die Verselbstständigung als Evangelische Kirche von Westfalen, die mit der Kirchenordnung 1953 die presbyterial-synodale Ordnung unserer Kirche festgeschrieben hat.