Das sog. Clearing ist ein Kirchenlohnsteuer-Verrechnungsverfahren.

Die Kirchensteuer steht immer derjenigen Kirche zu, in welcher ein Mitglied seinen Wohnsitz oder gewöhnlichen Aufenthalt hat. Die von einem Arbeitnehmer zu zahlende Kirchenlohnsteuer wird stets dort eingezahlt, wo der Arbeitgeber des Kirchenmitglieds seinen Betriebssitz unterhält. Wenn der Sitz des Arbeitgebers und der eigene Wohnsitz eines Arbeitnehmers in zwei verschiedenen Landeskirchen liegen, geht die Kirchenlohnsteuer deshalb an eine Landeskirche, der sie nicht zukommt. Arbeitet beispielsweise ein Westfale in Bayern, so wird die Kirchenlohnsteuer beim Finanzamt des Arbeitgebers abgeführt, obwohl die Kirchensteuer einer Kirchengemeinde der Evangelischen Kirche von Westfalen zusteht.

Dieselbe Problematik ergibt sich auch, wenn der Arbeitgeber die Lohn- und Gehaltszahlungen bundes- oder landesweit in einer Betriebsstätte zentral durchführen lässt (z. B. das Landesamt für Besoldung und Versorgung mit Sitz in Düsseldorf (Evangelische Kirche im Rheinland führt Kirchenlohnsteuer auch für Mitglieder der westfälischen oder lippischen Kirche ab). Es bedarf einer nachträglichen Berichtigung, die mit Zeitverzug von der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) erstellt wird.

Das Clearingverfahren führt regelmäßig dazu, dass eine Landeskirche rückwirkend Geld erhält oder nachzahlen muss, weil die Clearingvorauszahlungen nicht der Clearingabrechnung entsprechen. Im Mai 2009 hat die westfälische Landeskirche eine Clearing-Rückzahlung von ca. 23,5 Millionen Euro geleistet. Diese Nachzahlung ergab sich aus der Abrechnung des Jahres 2004. Mit der Abrechnung für das Kalenderjahr 2005 rechnen wir Anfang 2010. Die zukünftigen Abrechnungen werden durch ein geändertes Verfahren zeitnäher erfolgen.