Mit dem Aufstieg der Nationalsozialisten bildete sich die Kirchenpartei der „Deutschen Christen“, die der nationalsozialistischen Ideologie organisiert Eingang in die Kirche verschaffte. Der Widerstand dagegen formierte sich als „Bekennende Kirche“.

Unter Leitung des westfälischen Präses Karl Koch konstituierte sich 1934 in Dortmund die erste westfälische Bekenntnissynode, in Barmen trat die erste Bekenntnissynode der Deutschen Evangelischen Kirche zusammen. Ihr wichtigstes Ergebnis ist die Barmer Theologische Erklärung, die in sechs Thesen die Bindung an die Bibel betonte und von daher die Verwerfung der deutsch-christlichen Ansichten als Verstöße gegen die Schrift und die evangelischen Bekenntnisse begründete. Sie gehört zu den Bekenntnisgrundlagen unserer Kirche.

Eingriffe der Obrigkeit in Leben und Ordnung der Kirche verstärkten sich. Dagegen wuchs der innerkirchliche Widerstand. Schwach aber blieb der Widerstand gegen Unrecht und Terror in Staat und Gesellschaft, während die nationalistische Politik weithin unterstützt wurde. Den Kampf um die Freiheit des Evangeliums bezahlte zum Beispiel Pfarrer Ludwig Steil mit seinem Leben.

Bis 1945 war die westfälische Kirche als Kirchenprovinz Westfalen Teil der Evangelischen Kirche der Altpreußischen Union (APU). Im Rahmen der Neuordnung der APU erfolgte die Verselbstständigung als Evangelische Kirche von Westfalen, die mit der Kirchenordnung 1953 die presbyterial-synodale Ordnung unserer Kirche festgeschrieben hat.

Der westfälischen Synode 1946 war es vor allem wichtig, die Verantwortung und Mitschuld der westfälischen Kirche an dem in Deutschland geschehenen Unrecht zu bekennen und um Vergebung zu bitten. Die Synode verabschiedete dazu 13 Thesen mit dem Titel „Von der Buße der Kirche und der Erneuerung des öffentlichen Lebens“.

In der Tradition dieses Bußwortes steht das Wort der Landessynode von 1999, das die bleibende Erwählung des Volkes Israel durch Gott betont und die Mitschuld unserer Kirche am NS-Unrecht gegen das jüdische Volk bekennt.