Erst der Zusammenschluss der deutschen Territorien zu einem Staatenbund 1815 brachte die bürgerliche Gleichberechtigung der Konfessionen. Das änderte nichts am Gegenüber von geschlossen protestantischen und katholischen Gebieten.

In Preußen wollte König Friedrich Wilhelm III. die innenpolitische Einheit durch die Vereinigung der evangelischen Konfessionen unter einem gemeinsamen Bekenntnis stärken. 1817 erließ er seinen Unionsaufruf an die lutherische und reformierte Kirche, dem noch im gleichen Jahr die lutherische und die reformierte Synode der Grafschaft Mark entsprach.

Als aber nach längeren Auseinandersetzungen in den nächsten Jahren nicht alle westfälischen Gemeinden dem Unionsaufruf folgten, kam es zu einer „Verwaltungsunion“, in der bis heute lutherische, reformierte und unierte Gemeinden verbunden sind.

Ein weiterer Konfliktpunkt zwischen König und Gemeinden bezog sich auf die Leitung der Kirche von oben durch Konsistorien oder von unten durch Presbyterien und Synoden. Ein Kompromiss wurde erzielt in der rheinisch-westfälischen Kirchenordnung von 1835, in der die presbyterial-synodale Tradition erstmals rechtlich verankert wurde. Zugleich musste das Aufsichtsrecht des Landesherrn über die Kirche anerkannt werden.

Für die Erneuerung einer lebendigen Frömmigkeit traten Erweckungsbewegungen des 19. Jahrhunderts ein. Dem gesellschaftlichen Wandel – der Zunahme der sozialen Not durch die industrielle Revolution und der Distanzierung der Menschen von der Kirche – wurde die Kirche als Lebensraum entgegengestellt, in dem Menschen durch vertiefte Beschäftigung mit der Bibel, durch die Intensivierung des gottesdienstlichen und gemeinschaftlichen Lebens und umfassende seelsorgliche, missionarische und diakonische Aktivitäten Trost, Halt und Gemeinschaft erfahren.

In Westfalen war die Erweckungsbewegung vor allem im Siegerland und in Minden-Ravensberg wirksam. Prägende Persönlichkeiten waren der Jöllenbecker Pfarrer Johann Heinrich Volkening und der Freudenberger Gerbermeister Tillmann Siebel. Infolge der geistlichen Erweckung entstanden zahlreiche kirchliche Werke und Verbände, die zum Teil bis heute das kirchliche Leben in Westfalen bereichern.