Früheste Zeugnisse christlichen Lebens im westfälischen Raum gehen auf die Zeit vor der Zwangschristianisierung durch Karl den Großen zurück. Im Gefolge der fränkischen Eroberungspolitik entstanden im 9. Jahrhundert in den vier neu gegründeten westfälischen Bistümern Minden, Münster, Osnabrück und Paderborn viele Pfarrkirchen, von denen nicht wenige in der Reformation evangelisch wurden. Unter dem Einfluss zahlreicher Klöster und Stifte, darunter viele Frauenkonvente, entwickelte sich im hohen Mittelalter eine reiche religiöse Volkskultur. Der Marienaltar des Konrad von Soest in Dortmund oder die Soester Wiesenkirche mit ihren Glasfenstern und Altären gehören zu den Spitzenwerken der europäischen Kunst des 14. und 15. Jahrhunderts.

Obwohl die Reformatoren Martin Luther und Johannes Calvin niemals westfälischen Boden betraten, haben ihre Gedanken das kirchliche Leben in Westfalen stark beeinflusst. Seit 1524 waren in westfälischen Städten reformatorische Predigten zu hören. Luther stand in brieflichem Kontakt mit Soest, Herford und Münster. Impulse zur Entstehung reformatorischer Gemeinden gaben Gerd Oemeken in Soest und Nikolaus Krage in Minden. Calvinische Einflüsse kamen über die Niederlande nach Westfalen. Auf westfälischem Boden entstanden so lutherische und reformierte (in der Tradition Calvins stehende) Gemeinden.

Um 1600 war die Reformation in Westfalen weitgehend abgeschlossen. Einige Gebiete waren überwiegend reformiert (z. B. Siegen, Tecklenburg, Wittgenstein), andere lutherisch geprägt (z. B. Grafschaft Mark, Grafschaft Ravensberg), andere Gebiete blieben katholisch oder wurden durch rigorose Eingriffe re-katholisiert. In der Grafschaft Mark entstanden für das lutherische wie für das reformierte Bekenntnis presbyterial-synodale Kirchenleitungen.

Seit dem Augsburger Religionsfrieden von 1555 konnten die Landesherren in Deutschland festlegen, ob ihre Untertanen katholisch oder lutherisch sein sollten. Die Herzöge von Jülich, Cleve und Berg, die in Westfalen die Grafschaften Mark und Ravensberg besaßen, blieben beim alten Glauben. Sie erlaubten aber in ihren Territorien die Bildung reformatorischer Gemeinden, die sich ohne direkte obrigkeitliche Bevormundung relativ selbstständig entwickelten.

In diesen Entwicklungen liegen Wurzeln des später für ganz Westfalen charakteristischen presbyterial-synodalen Systems. Auch Anhänger Zwinglis und Calvins, die 1555 vom Religionsfrieden ausgeschlossen worden waren, bildeten damals in Westfalen selbstständige Gemeinden. Erst der Westfälische Frieden von Münster und Osnabrück 1648 führte zur reichsrechtlichen Gleichstellung der Reformierten mit Katholiken und Lutheranern.